《双珠记》故事由主、副二条叙事线构成，主线写五术大师梅正之应吴三桂之命入府议事，以数术奇能周旋于吴三桂与其麾下夏国相、胡国柱、郭壮图之间，多次劝他们释放永历帝并反清复明。
副线写梅正之母亲山婆婆照顾梅正之的徒弟梅松以及儿女梅芝羽、梅芝风，又救了受伤落难的南明三王爷柳无根并收留其女柳剑冷，三王爷伤愈后复联络各路志士，准备与梅正之里应外合，救出永历帝。
主副两线交会于吴三桂拟将永历帝就地处决，志士们闯王府劫法场，几番交战后终告失败，梅正之与三王爷等人身死，山婆婆负伤而逃，永历帝被绞杀。